Les missions du poste Établissement : Université de Montpellier École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau Laboratoire de recherche : DIADE - Diversité, Adaptation et DEveloppement des plantes Direction de la thèse : Mathias LORIEUX ORCID 0000000198643933 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59 [FR] La cartographie fine de marqueurs, de QTL ou de gènes majeurs, étape indispensable à la conduite d'une sélection assistée par marqueurs efficiente, est basée sur le phénomène naturel de recombinaison génétique qui intervient au cours de la méiose. Cependant, l'apparition des crossing over (CO) ne survient pas aléatoirement le long des chromosomes et suit des lois encore mal connues, bien que de nombreuses études leur soient consacrées. Si l'on veut pouvoir prédire la probabilité d'occurrence des CO dans une région génomique donnée, il faut donc connaître les conditions de leur formation. La question centrale de ce projet de thèse est la suivante : La connaissance fine des différences entre deux génomes parentaux permet-elle de prédire la probabilité d'occurrence des crossing over chez l'hybride F1 ? Pour y répondre, nous avons établi une carte ultra-dense du génome du riz (Oryza sativa L.), par séquençage du génome de 2 000 individus F2 suivi d'une étape d'imputation réalisée au moyen d'une nouvelle approche développée au laboratoire (NOISYmputer, voir https://doi.org/10.1371/journal.pone.0314759). Par ailleurs, nous disposons des séquences génomiques des parents du croisement, établies avec la technologie PacBio HiFi, ainsi que des profils de méthylation de l'ADN des méiocytes des parents. Les travaux de la thèse consisteront à : (1) développer une méthode d'identification automatique et de classification de l'ensemble des variants structuraux (VS) entre deux génomes distants, (2) analyser les profils de méthylation de l'ADN des parents et de leur hybride F1, (3) établir des règles