Détail du poste Établissement : Université de Montpellier École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau Laboratoire de recherche : MARBEC - Biodiversité Marine, Exploitation et Conservation Direction de la thèse : Sophie ARNAUD-HAOND ORCID 0000000158148452 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59 La clonalité partielle (i.e. combinaison de sexualité et de reproduction clonale) est fréquente dans le vivant et concerne des espèces à enjeux majeurs (pathogènes, invasives, plantes, espèces structurantes terrestres et marines). Ce mode de reproduction influence fortement l'écologie et l'évolution, et doit être intégré aux analyses de génétique des populations. Les modèles théoriques développés dans les ANR Clonix/Clonix2D ont affiné les attendus génotypiques et génétiques sous divers taux de clonalité. Ces avancées doivent être consolidées sous différents scénarios démographiques et transformées en méthodes d'inférence accessibles. Parallèlement, l'essor des génomes complets d'organismes non modèles partiellement clonaux pose des défis, car les pipelines bio-informatiques standard biaisent les signatures de clonalité (équilibre d'Hardy-Weinberg, déséquilibres de liaison). La thèse visera (1) à densifier les bases théoriques, (2) développer des modèles d'inférence par apprentissage supervisé, (3) concevoir une méthode adaptée aux génomes complets. La preuve des concepts développés se fera sur une phanérogame marine et deux coraux Scléractiniaires, espèces ingénieures d'écosystèmes marins clés côtiers et profonds. Partial clonality, the coexistence of sexual and clonal reproduction within the same species, is widespread in the tree of life [1, 2]. Now, a large fraction of eukaryotes are partially clonal, including many taxa of high societal, environmental, and economic importance (human and crop pathogens, invasive species, most photosynthetic organisms, and numerous marine and terrestrial