Poste de "Bioinformatique Développement de Pipelines pour l'Analyse de Données en Metabarcoding H/F " à pourvoir à IFREMER Plouzané en ALTERNANCE. Quelles seront vos missions ? Vous développerez un workflow pour l'analyse de données metabarcoding, avec un focus particulier sur le gène COI utilisé pour l'étude des métazoaires. En tant que gène codant, le COI présente des spécificités qui le distinguent des marqueurs couramment utilisés tels que les gènes 16S, 18S et 23S (ARN ribosomiques) ; dans ce contexte, vous contribuerez à identifier et intégrer des outils adaptés à l'analyse de données de metabarcoding issues de ce marqueur. Vous participerez à l'optimisation des étapes de traitement bioinformatique, notamment en mettant en place des approches pour la détection et l'élimination des pseudogènes, ainsi qu'en testant et ajustant les paramètres d'assignation taxonomique. Une attention particulière sera portée à l'adaptation des pipelines aux données de séquençage à lectures courtes (Illumina) et longues (Oxford Nanopore Technologies). Vous contribuerez également à la valorisation de jeux de données existants, incluant des données de metabarcoding (lectures courtes et longues) issues de communautés associées à des structures éco-conçues sur le polder de Brest dans le cadre du projet CLIMAREST, ainsi que des communautés benthiques portuaires de sites au Cap-Vert (projet BIODIVERDE). Cette alternance vous offrira l'opportunité de travailler à l'interface entre écologie marine et bioinformatique, au sein d'un environnement de recherche collaboratif. Quelles seront vos activités ? Vous conduirez une étude sur l'état de l'art en analyse de données metabarcoding avec le marqueur COI : - Outils et workflows existants ; - Définition des étapes et des paramètres clés ; - Identification des bases de données de références ; Vous construirez le workflow selon les principes FAIR mis en place dans les workflows déjà développés au sein de l'Institut : - Utilisation du gestionn
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