Détail du poste Établissement : Université de Bordeaux École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé Laboratoire de recherche : BFP - Biologie du Fruit et Pathologie Direction de la thèse : François MACLOT ORCID 0000000331965369 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59 Les virus de la jaunisse nanisante des céréales (YDVs) figurent parmi les maladies les plus dommageables des cultures céréalières (orge, blé, avoine, maïs, riz), avec des épidémies pouvant provoquer jusqu'à 80 % de pertes de rendement. Ils forment un complexe de 12 espèces virales, historiquement classées dans les Luteoviridae puis récemment réassignées aux familles Tombusviridae et Solemoviridae. Ce complexe est transmis de manière persistante par au moins 25 espèces de pucerons, et infecte plus de 150 espèces de poacées sauvages ou cultivées dans divers agro-écosystèmes (cultures, prairies, pelouses, bandes enherbées, lisières). À la fin de l'été, les graminées sauvages peuvent assurer le maintien inter-saisonnier du virus entre la récolte et le semis suivant via un réservoir viral (« green bridge »). Lors des vols de pucerons à l'automne, les vecteurs colonisent ces plantes infectées, acquièrent le virus, puis le retransmettent aux jeunes cultures. Il est donc crucial d'élucider le rôle des graminées estivales dans le maintien et l'émergence des YDVs, en amont des migrations vectorielles. Le développement des technologies de séquençage à haut débit (HTS/NGS) permet aujourd'hui de décrire les communautés virales (viromes) au sein d'échantillons de plantes et d'insectes vecteurs, et d'analyser les dynamiques de circulation virus-hôtes-vecteurs ainsi que la phylodynamique de transmission entre compartiments sauvages et cultivés. L'objectif général est de caractériser, par métagénomique et écologie virale, la diversité des populations de YDVs chez les céréales et les poacées sauvages, de cartographier la circulation des virus du complexe BYDV/CYDV dans les a