Détail du poste Établissement : Institut Agro Montpellier École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau Laboratoire de recherche : PHIM - Plant Health Institute Montpellier Direction de la thèse : Philippe ROUMAGNAC ORCID 0000000150026039 Début de la thèse : 2026-11-01 Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59 Les phytovirus, responsables de nombreuses maladies émergentes des plantes, constituent une menace croissante pour la sécurité alimentaire et la stabilité économique des sociétés. Pourtant, des lacunes persistantes dans nos connaissances limitent encore notre compréhension de leur adaptation, de leur impact sur le fonctionnement des écosystèmes, et de notre capacité à élaborer des modèles prédictifs fiables pour anticiper leur émergence. L'avènement de la métagénomique spatiale a marqué un tournant en pathologie végétale. Ces approches innovantes permettent désormais de cartographier le virome des plantes, tout en associant les séquences virales à leurs hôtes et à leur contexte géographique. Elles ont révélé une prévalence accrue des infections en milieux cultivés par rapport aux écosystèmes naturels, soulignant le rôle des monocultures et de la proximité génétique des hôtes dans la propagation des épidémies (Bernardo et al., 2018). Nos travaux récents, menés en collaboration avec un consortium international, ont par ailleurs identifié deux mécanismes majeurs structurant les communautés phytovirales dans les prairies tempérées, méditerranéennes et tropicales : la diversité des niches écologiques, déterminée par la richesse en espèces hôtes, et la persistance des métapopulations virales, favorisée par la biomasse et la connectivité des plantes. Malgré ces progrès, plusieurs questions majeures restent en suspens. Il est notamment essentiel d'éclaircir la dynamique spatio-temporelle de la prévalence et des taux de coinfection des phytovirus, d'évaluer la représentativité des différentes voies de transmission de