Détail du poste Établissement : Université Clermont Auvergne École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement Laboratoire de recherche : MEDIS - Microbiologie Environnement Digestif Santé Direction de la thèse : Panagiotis SAPOUNTZIS ORCID 0000000162863918 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-31T23:59:59 L'élevage bovin joue un rôle clé dans la sécurité alimentaire et l'économie, mais l'intensification des pratiques agricoles favorise l'émergence de bactéries zoonotiques résistantes aux antimicrobiens. Parmi elles, Escherichia coli représente un enjeu majeur en raison de son potentiel pathogène et de sa transmission entre générations. La compréhension des mécanismes de transmission verticale de cette bactérie est essentielle pour développer des stratégies de prévention et limiter le recours aux antibiotiques. Ce projet doctoral vise à caractériser le microbiome transmissible chez les bovins, en mettant l'accent sur E. coli et ses interactions avec l'hôte et l'environnement. Il repose sur une approche intégrative combinant modélisation in silico des interactions bactériennes, validation expérimentale par co-cultures et analyses de génomique fonctionnelle. L'identification des éléments clés de cette transmission permettra d'évaluer le rôle du microbiome intestinal dans le contrôle des pathogènes et d'identifier des leviers pour une gestion durable de la santé animale. Les résultats attendus fourniront de nouvelles connaissances sur la transmission microbienne à travers les générations, avec des implications directes pour la santé bovine et la sécurité sanitaire des aliments. Une meilleure compréhension de ces dynamiques contribuera à réduire la dépendance aux antimicrobiens en élevage, soutenant ainsi les objectifs de santé publique et de durabilité des systèmes de production. L'intensification de l'élevage a conduit à une augmentation des pathogènes zoonotiques et des bactéries résistantes aux antimicrobiens posant
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