Détail du poste Établissement : Université Clermont Auvergne École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement Laboratoire de recherche : Microbes Intestin Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte Direction de la thèse : ANTHONY BUISSON ORCID 000000026347409X Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-15T23:59:59 La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI) dont la physiopathologie, encore imparfaitement connue, reposerait sur une interaction anormale entre le microbiote intestinal et le système immunitaire chez des patients potentiellement prédisposés génétiquement, sous l'influence de facteurs environnementaux. Au sein de ce microbiote, notre équipe a identifié la présence d'un pathovar spécifique d'E. coli, appelés E. coli adhérents et invasifs (AIEC). Les études transversales retrouvent une prévalence variant de 21 à 63 % en fonction du stade d'évolution de la maladie avec une plus forte prévalence des AIEC à un stade précoce. Toutefois, l'histoire naturelle de la colonisation par les AIEC au cours du temps chez un même patient, reste à étudier. Notre équipe a également pu montrer une dysfonction macrophagique vis-à-vis de la prise en charge des AIEC en lien avec certaines anomalies en lien avec certaines protéines comme la chitinase 3-like 1 (CHI3L1) qui interagit avec le facteur de virulence chiA portés par certains AIEC. Au cours de la thèse, quatre axes pourront être développés : (1) Etude de l'histoire naturelle des AIEC. Grâce aux prélèvements issus de cohorte incluant des patients à des stades précoces (TRANSCEND-ID, CROCO), avancé (TOPIC) et très avancé (OPEN-UP), nous étudierons la prévalence des AIEC et étudierons les facteurs expliquant ces variations de prévalence notamment la signature du microbiote et l'environnement immunitaire. (2) Recherche d'une signature sérologique de la colonisation par les AIEC chez les patients. La caractérisation du statut AIEC des patie
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