Description : L’ingénieur en techniques biologiques choisit, adapte et met en œuvre les techniques de biologie dans le cadre des projets scientifiques d’une équipe de recherche du CIML (Marseille). De plus, sa mission sera d’assurer l’interface entre l’animalerie et les besoins expérimentaux des chercheurs de l’équipe de recherche. Activités principales : · Conception de pipelines d'analyse bioinformatique pour le traitement des données transcriptomiques. · Test, mise en œuvre et déploiement de méthodes bioinformatiques pour l'analyse des données transcriptomiques spatiales et d'ARN-seq unicellulaires (y compris la segmentation cellulaire, la déconvolution et l'annotation basées sur des références, l'analyse des gènes différentiellement exprimés...) · Présentation des résultats dans des rapports et des présentations clairs · Suivre les évolutions technologiques dans le domaine de l'analyse bioinformatique des données transcriptomiques spatiales. · Participer activement aux réunions d'équipe. · Participer aux réunions et aux échanges avec la communauté des bioinformaticiens du CIML et de la région marseillaise (réseau BIOTIC). Profil recherché : Connaissances / Savoir-faire : · Compétences en programmation dans R et PYTHON · Maîtrise des outils d'analyse de données de séquençage à haut débit (Illumina, Oxford Nanopore Technologies), de préférence en transcriptomique (RNA-seq, single-cell RNA-seq). · Compréhension pratique des différentes méthodes de transcriptomique spatiale. · Compréhension pratique des méthodes mathématiques pour l'analyse de données multidimensionnelles. · Maîtrise de l'anglais scientifique écrit et parlé. · Connaissance des systèmes Unix/Linux, Shell. Aptitudes : · Volonté d'évoluer et d'apprendre · Intérêt pour les questions méthodologiques en biologie computationnelle. · Rigueur, sens de l'org
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