RESPONSABILITÉS : Descriptif du service L'université Lyon 1 et la plateforme PRABI / FR BioEEnviS est partenaire du projet cloud4SAMS financé par le PEPR SAMS porté par l'INRAE et l'Institut Français de Bioinformatique. Le PRABI recrute un Ingénieur d'Etude en Bioinformatique qui sera en charge du développement des pipelines de métagénomique virale et des bases de données de références associées qui seront déployées dans le cadre du projet cloud4SAMS. Description du poste La mission principale de l'ingénieur d'étude en bioinformatique sera le développement de pipeline de métagénomique virale (assignation taxonomique, assemblage, prédiction des hôtes potentiels... ) et la mise a disposition de bases de données de référence de génomique virale utilisées. La personne recrutée développera plus particulièrement des chaines de traitement bioinformatique reproductibles (snakemake ou nextflow) qui auront vocation a être déployé sur le cloud académique de l'IFB et plus particulièrement dans un environnement sécurisé pour permettre le traitement des données associées au projets du PEPR SAMS. La mission secondaire concernera la formation des utilisateurs à l'utilisation des pipelines mises à disposition. Activités principales de l'agent : • Développement de pipelines a l'aide de Snakemake / Nextflow • Construction de bases de données de référence • Déploiement de pipeline sur les cloud • Conseiller et former aux techniques et outils développés • Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles. • Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité • Participer à des réseaux professionnels Logiciels ou matériels spécifiques utilisés : OpenStack, Pyarrow, S3, Google RPC, Notebook Jupyter, Docker, Python, R, Kubernetes PROFIL RECHERCHÉ : Expérience professionnelle souhaitée dans le domaine : entre 1 et 3 ans Compétences attendues : • Maîtrise des environnements Linux et des langages système (shell/bash). • Maîtrise des outils de
Recruteur ou personne concernée par cette annonce ? Demander la suppression