Description : ______________________ UMR 1151- INSTITUT NECKER‑ENFANTS MALADES (EQUIPE SINGH) _______________________________ Le laboratoire développe un programme de recherche interdisciplinaire à l’interface entre biologie computationnelle, génomique fonctionnelle et immunologie. Les travaux portent sur le rôle des rétrovirus endogènes humains (HERVs) et autres éléments mobiles du génome dans la régulation de l’immunité humaine et des fonctions génomiques, en conditions physiologiques et pathologiques. Les projets s’appuient sur des approches de pointe incluant le single‑cell et le spatial multi‑omics, l’intégration de cohortes à grande échelle, ainsi que le développement de modèles statistiques et d’apprentissage profond. MISSION PRINCIPALE La personne recrutée conduira des recherches en biologie computationnelle et bioinformatique, en étroite interaction avec des biologistes expérimentaux, afin d’analyser et d’intégrer des données single‑cell, multi‑omics et spatiales, et de développer des modèles permettant de décrypter la régulation génique médiée par les éléments rétrotransposables. ACTIVITÉS PRINCIPALES * Analyse de données single‑cell multi‑omics (scRNA‑seq, scATAC‑seq, multiome) issues de cellules immunitaires et cérébrales. * Intégration de données de transcriptomique spatiale et d’imagerie avec des atlas single‑cell. * Analyses à l’échelle d’atlas et intégration de cohortes publiques et internes. * Développement de modèles statistiques et d’apprentissage profond pour l’étude de la régulation génomique et des éléments transposables. * Développement, optimisation et maintenance de pipelines reproductibles (R, Python, Nextflow/Snakemake). * Contribution à la rédaction d’articles scientifiques et à la valorisation des résultats. SPÉCIFICITÉ(S) ET ENVIRONNEMENT DU POSTE * Fort environnement interdisciplinaire et collaboratif. * Accès à des jeux de données à grande échelle (single‑cell, multi‑omics, spatial). * Accès à des infrastructures
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