Détail du poste Établissement : Institut Agro Montpellier École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau Laboratoire de recherche : AGAP Institut, Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Direction de la thèse : Laurène GAY ORCID 0000000298618188 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59 Ce projet de thèse vise à analyser l'effet du régime de reproduction sur la diversité génétique et le fardeau de mutations d'espèces apparentées aux plantes cultivées, en combinant approches classiques de génétique des populations et méthodes récentes d'intelligence artificielle. La domestication et l'amélioration variétale ont entraîné des goulots d'étranglement démographiques favorisant l'accumulation de mutations délétères dans les génomes. Ce fardeau génétique peut limiter les performances agronomiques et le potentiel adaptatif des populations, il est donc utile de pouvoir le caractériser. Les régimes de reproduction jouent également un rôle central dans cette dynamique : les espèces autogames présentent une forte homozygotie favorisant la purge des mutations fortement délétères, mais leur faible taille efficace peut conduire à la fixation de mutations faiblement délétères par dérive génétique. L'objectif principal de la thèse est d'évaluer dans quelle mesure les modèles de langage appliqués aux séquences génomiques, inspirés des architectures transformer, permettent d'affiner l'estimation du fardeau génétique et de la diversité. Ces modèles apprennent les régularités statistiques des génomes et peuvent prédire l'effet fonctionnel des mutations en comparant la vraisemblance de séquences mutées et non mutées. Ils génèrent également des représentations vectorielles (embeddings) intégrant des informations contextuelles et évolutives. Le premier axe du projet consistera à estimer le fardeau génétique à l'aide de méthodes classiques (ratios synonymes/non synonymes, diversité nucléotidique, anno
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